背景知识
真核生物的染色体由染色质组成，染色质则是由核小体组成。核小体是一个组蛋白8聚体和缠绕在上面的DNA组成的。核小体与核小体之间通过一段linker DNA连接。这些核小体在染色体中处于不同的染色质构象中：
- 常染色质是结构比较松散的染色质，这种松散的结构使得DNA上的调控元件（启动子，增强子等）处于物理可接近的状态，从而可以被转录因子等蛋白结合，进而激活转录过程；
- 异染色质结构比较紧密，DNA被压缩折叠，处于不可接近的状态，从而无法被转录因子等蛋白结合，无法激活转录。
因此，染色质构象是基因表达调控的关键手段之一。
实验原理
ATAC-seq（Assay for transposase-accessible chromatin sequencing）是目前染色质构象研究的主流工具。其原理是，通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座：
- 开放区域的染色质由于DNA暴露，因此可以发生转座；
- 紧缩区域的染色质由于DNA被压缩折叠，转座酶无法接近，因此不能发生转座。
转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析，染色质开放区域会产生测序reads，而染色质紧缩区域则无测序reads产生：染色质开放程度越高，其测序信号越强。
技术路线
裂解细胞提取细胞核――转座酶处理――文库构建――上机测序――生信分析
数据分析
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